ר' אליעזר נפטר לבית עולמו במוצש"ק לך לך מארצך... אל הארץ אשר אראך, י"ב בחשוון תשע"ט.
נולד בעיר טבריה למשפחה שעלתה לארץ ישראל בשנת תקל"ז 1777. נשוי לאסתר לבית גרוס ולהם משפחה ענפה של ילדים, נכדים ונינים המתגוררים בכל רחבי מדינת ישראל.
שירת בצה"ל בשירות חובה בגדוד 890 של הצנחנים ובשירות מילואים בחטיבה 55 של הצנחנים משחררי ירושלים.
את ראשית דרכו החינוכית החל כמורה ומדריך חינוכי בכפר בתיה שברעננה. למד באוניברסיטת בר-אילן פסיכולוגיה וחינוך, ובתפקידו כיועץ תעסוקה בכיר במשרד הרווחה הקים רשת לייעוץ תעסוקתי והכשרה מקצועית במחוז השרון ובשירות התעסוקה לאוכלוסייה הערבית במזרח ירושלים בשנת 1968.
בשנת 1970 יצא בשליחות חינוכית מטעם הסוכנות היהודית לארצות הברית, ולאחר שובו מהשליחות בשנת 1973, השתתף בהקמת החטיבה לדור ההמשך ופיתוח מנהיגות בהסתדרות הציונית העולמית, בראשותם של עוזי ברעם ואורי גורדון. כאשר נבחר לעמוד בראש החטיבה, הקים רשת עולמית של מכונים ללימודי יהדות ולפיתוח מנהיגות קהילתית יהודית ציונית.
בתקופת כהונתו כחבר הנהלת הסוכנות היהודית והנהלת ההסתדרות הציונית העולמית בתפקיד ראש המחלקה לחינוך ולתרבות תורניים בגולה, יזם והקים מפעלי חינוך ותרבות תורנית בתפוצות הגולה, שבהם למדו והשתלמו אלפי מורים ומנהלי בתי ספר, והוציא לאור עשרות ספרי לימוד, עיון, הגות וערכות הוראה חדשניות בשפות שונות. בתפקידו כראש המרכז לשירותים רוחניים בתפוצות הפעיל רשת עולמית של סמינרים לרבנים וראשי קהילות וייסד את "העצרת העולמית של המנהיגות האורתודוקסית" (O.G.A.) שהתכנסה בירושלים.
מאז שנות השמונים של המאה העשרים לומד בכולל של ישיבת הכותל בעיר העתיקה בירושלים, ובשנים האחרונות חידש את לימודיו גם באוניברסיטה העברית בירושלים.
פרסם מאות מאמרים וסיפורים בעיתון "הצופה". ספרו "סיפורי הזמן והמקום" יצא לאור על ידי מוסד ביאליק.
אליעזר שפר שימש עד יומו האחרון כיו"ר הארגון העולמי של בתי הכנסת והקהילות האורתודוקסיות ויו"ר איחוד בתי הכנסת והקהילות בישראל.
ר' אליעזר נפטר לבית עולמו במוצש"ק לך לך מארצך... אל הארץ אשר אראך, י"ב בחשוון תשע"ט.
ההלוויה התקיימה בשעה 15:00 בבית הלוויות סנהדריה בירושלים והובא לקבורה בהר הזיתים.
הספידוהו רבני ירושלים הראשל"צ הרה"ג הרב שלמה משה עמאר שליט"א והרה"ג הרב אריה שטרן שליט"א ובני המשפחה.
יהי זכרו ברוך
ר' אליעזר שפר ז"ל יו"ר איחוד בתי הכנסת והקהילות בישראל
יו"ר הארגון העולמי של בתי הכנסת והקהילות האורתודוקסיות
יקיר ירושלים, יקיר החינוך הדתי, ממשחררי הר הבית הבית והכותל המערבי