בשונה מרוב רובם של בתי הכנסת בירושלים, בית הכנסת ע"ש שמואל מאיר בכיכר ספרא בירושלים, מתפללים יחדיו בשבתות ובחגים כל סוגי הלבוש, חובשי שטריימלים של חסידי "תולדות אהרון "וחובשי כיפות סרוגות מכל הסוגים והגדלים וגם מכל עדות ישראל, כאשר הגבאי הוא מ"תולדות אהרון", הקורא בתורה מהעדה התימנית, השליח ציבור החכם מרדכי ממרוקו והרב של הקהילה הרב צבי גרינשפן – אברך בישיבת "נתיב אריה".
כל בעל תפילה מתפלל בנוסח שלו וציבור המתפללים למדו לשיר את שירי התפילה והפיוטים בנוסח כל עדות ישראל.
זמני תפילת שחרית בשבתות ובחגים 08:15.
כל ימות השבוע, תפילה בנוסח עדות המזרח.
זמני התפילה הם: שחרית – 07:15. בימים ב'-ה' וראשי חודשים – 6:30.
תפילת מנחה וערבית משתנים לפי שעון קיץ וחורף.